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单位在三方协议上确实可以加盖合同专用章。合同专用章在签约范围内代表单位意志，单位需依据此承担对应的权利义务。根据《合同法》等相关法律规定，合同专用章与公章在签订合同时法律效力相同，均可用于单位的对外签约活动。若未及时处理盖章相关事宜，可能引发合同无效或法律纠纷，从而对单位权益造成不利影响。
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在三方协议签署过程中，单位可以选择加盖合同专用章或公章，两者在法律上均具备同等的效力。具体选择哪种印章，需依据单位内部的管理规定及实际情况来决定。如果单位有明确规定使用合同专用章，则应优先使用；若单位未做特别规定，则公章同样可作为替代选项。
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单位在三方协议上加盖合同章是可行的。具体做法包括：1. 若单位已配备合同专用章，则直接使用；2. 若单位未配备合同专用章，可使用公章替代，法律效力不受影响；3. 在盖章前，务必确认印章的真实性和有效性，并确保符合单位内部管理规定，以防止潜在的法律纠纷发生。
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